Nach einigen Semestern des Studiums der Rechtswissenschaften arbeitete Werner Faymann von 1985 bis 1988 als Konsulent der Zentralsparkasse; 1988 wurde er Geschäftsführer und Landesvorsitzender der Wiener Mietervereinigung. Von 1981 bis 1987 war Faymann Landesvorsitzender der Sozialistischen Jugend Wien, von 1985 bis 1994 Mitglied des Wiener Landtages und Gemeinderates.
1994 wurde Werner Faymann Amtsführender Stadtrat für Wohnbau und Stadterneuerung (seit 1996 mit dem Zusatz "Wohnen, ..."), Präsident des Wiener Bodenbereitstellungs- und Stadterneuerungsfonds (WBSF) und Vizepräsident des Wiener Wirtschaftsförderungsfonds (WWFF). Im Januar 2007 wechselte er als Minister ins Bundesministerium für Verkehr, Innovation und Technologie.
Werner Faymann wurde im August 2008 zum Bundesparteivorsitzenden der SPÖ gewählt; in den folgenden Wahlauseinandersetzungen trat Werner Faymann als Spitzenkandidat der SPÖ an.
Bei den Nationalratswahlen 2008 erreichte die SPÖ 29,2 Prozent der Stimmen, bei den Nationalratswahlen 2013 nur noch 26,8 Prozent.
Einschneidendes Erlebnis für die Partei war die Bundespräsidentenwahl am 24. April 2016, bei der der SPÖ-Kandidat Rudolf Hundstorfer nur 11,2 Prozent der Stimmen erhielt. Es kam innerhalb der SPÖ zu intensiven Diskussionen in deren Folge Werner Faymann am 9. Mai 2016 seinen Rücktritt vom Amt des Bundeskanzlers als auch als Vorsitzender der SPÖ bekanntgab. In beiden Funktionen folgte ihm Christian Kern nach.
Am 1. September 2016 wurde Werner Faymann zum ehrenamtlichen UN-Sonderbeauftragten zur Verhinderung von Jugendarbeitslosigkeit berufen.